Эстонский фонд природы является независимой неправительственной организацией. В своей деятельности мы исходим из самых лучших известных экспертных знаний. Для реализации нашей деятельности мы получаем финансовую поддержку от местных и (в основном Европейского Союза) иностранных фондов, предприятий и пожертвования. Наши источники финансирования являются публичными, преимущественно основаны на проектных заявках и являются целевыми. Мы присоединились к регистру прозрачности Европейского Союза и Доброй традиции сбора пожертвований.  Ежедневно ЭФП плотно сотрудничает со многими свободными объединениями, государственными учреждениями и  предприятиями.

Ниже перечислены  фонды и источники финансирования, из которых мы получили поддержку и пожертвования начиная с 2010 года.