В ЭФП верят, что именно в сотрудничестве кроется сила. 
Ежедневно ЭФП плотно сотрудничает со многими свободными объединениями, государственными учреждениями и предприятиями.

• Эстонская палата экологических объединений (ЭКО)
• Союз некоммерческих объединений и целевых фондов Эстонии 
• Министерство климата
• Департамент окружающей среды
  
• Oкружающей среде
  
• Поделиться Распечатать Комиссия по окружающей среде
  
• RMK – Центр управления государственными лесами в Эстонии
• Спасательный департамент
  
• Таллиннский зоопарк

ЭФП является одним из основателей следующих организаций и мероприятий: Центры вторичного использования, Тартуский центр экологического образования, общество острова Кери, Природный парк Табасалу, Кинофестиваль в Матсалу, Покумаа, а вместе с Природоохранным обществом Коткас ЭФП является владельцем Школы природы в Палупыхья .

Зарубежные партнеры
Основным иностранным партнёром ЭФП являются дочерние организации Всемирного фонда природы (WWF) в Финляндии, Швеции, Германии, Польше, Литве, Латвии и в России. Наиболее широкое взаимодействие имеем с созданной для защиты Балтийского моря экологической программы Baltic Ecoregion Programme Всемирного фонда природы.

ЭФП является членом и партнёром различных международных организаций:

• Международный союз охраны природы и природных ресурсов (IUCN) 
• Объединение Средней и Восточной Европы по сохранению биоразнообразия (CEEWEB for Biodiversity)
• Международный лесной попечительский совет (FSC)
• Европейский форум по охране природы и скотоводству (EFNCP)

ELF поддерживает реализацию различных международных природоохранных конвенций в Эстонии – например, HELCOM, Орхусской конвенции и EUROBATS.