Основанием для охраны летучих мышей служат различные правовые акты. Точные принципы и планы по их охране описаны в программах деятельности по защите вида. Документы, служащие основанием для деятельности по охране, являются публичными, и в их формулировки могут внести свой вклад как государственные организации, так и независимые объединения, граждане и их объединения.
С целью охраны летучих мышей, обитающих в Европе, 36 стран подписали договор об охране летучих мышей Европы (Agreement on the Conservation of Populations of European Bats - UNEP/EUROBATS). Эстония подписала этот договор в 2004 году. Договор EUROBATS защищает 53 вида летучих мышей.
Все летучие мыши (рукокрылые, за исключением крыланов) занесены в IV приложение к директиве Европейского Союза «Об охране природных мест обитания, дикой флоры и фауны» (92/43/ЕЭC). Перечисленные в этом приложении виды подлежат в Евросоюзе строгой охране. Охранять следует не только самих летучих мышей, но и их укрытия. В приложении II к данной директиве отдельно приведены виды, для охраны которых следует сформировать особые охранные зоны, которые должны составлять экологически связанную сеть охранных зон Natura 2000. Из обнаруженных в Эстонии видов летучих мышей в приложении II к директиве указаны прудовая ночница (Myotis dasycneme) и европейская широкоушка (Barbastella barbastellus).
Согласно Закону об охране природы, 12 обнаруженных у нас видов летучих мышей взяты под охрану как подлежащие охране виды II категории. Также согласно этому закону в Эстонии выделены пять постоянных мест обитания летучих мышей (три региона зимовки и два летних места обитания). Законом об охране природы запрещается, в числе прочего, ловить особей охраняемого вида, а также умышленно нарушать их жизнедеятельность в период размножения, выращивания детенышей, зимовки и миграции.
В Эстонии существует две природоохранных зоны, где защищены места зимовки и колонии летучих мышей: природоохранная зона Юлгазе и природоохранная зона системы пещер Пиуза. На территории многих природоохранных зон защищены, в числе прочего, также летние места обитания летучих мышей: реки, озера, различные насаждения (парки, леса).
- По требованиям Бернской конвенции и заказу Совета Европы была подготовлена программа деятельности по охране прудовых ночниц в Европе: "Action plan for the conservation of the Pond Bat (Myotis dasycneme) in Europe" (2000).
- С целью организации охраны летучих мышей в Эстонии приказом генерального директора Департамента охраны окружающей среды в 2017 году была утверждена "Программа деятельности по охране летучих мышей (Vespertilionidae)".
- В рамках соглашения EUROBATS были изданы подробные руководства и информационные материалы о летучих мышах.
Законы и программы служат фундаментом для организации деятельности по охране летучих мышей. Реальная же охрана летучих мышей начинается с конкретной деятельности. Некоторые примеры:
Для выполнения этих задач необходимо провести специальные исследования.